Lab19 NCBI에서 계통수 phylogenetic tree 만들기 / Orthologs / COBALT 계통수 (phylogenetic tree)는 생물이 진화의 결과 여러 종이나 분류군 사이에서 나타나는 신체적이거나 유전적 특징의 유사성과 차이를 바탕으로 친연 관계를 수형도로 나타낸 다이어그램이다.-위키 NCBI에서 Phylogenetic tree 만들기에 대해서 해보도록 하겠다! - 1. NCBI에서 내가 궁금한 gene 검색하기 그냥 All databases로 검색해도 되고 아래의 링크의 homologene으로 해서 검색해도 된다. Home - HomoloGene - NCBI www.ncbi.nlm.nih.gov 요즘 human corona virus spike protein (SARS-CoV-2 등)의 receptor로 잘 알려진 ACE2를 가지고 계통수를 만들어보도록 하겠다. 먼저 ACE2 검색하.. 2021. 5. 27. ClustalW Clustal Omega 사용방법 Clustal란 여러가지 sequence를 alignment 할 때 사용되는 프로그램이다. 주로 어떤 단백질이나 DNA가 얼마나 conserve 되어 있는가 어디서 차이가 나는가 등을 확인하고자 할 때 사용된다. Clustal 에는 다양한 종류가 있는데 Clustal W는 thrid generation, omega는 가장 최근의 standard 버전이라고 한다. Clustal Omega < Multiple Sequence Alignment < EMBL-EBI Clustal Omega is a new multiple sequence alignment program that uses seeded guide trees and HMM profile-profile techniques to generate alig.. 2021. 5. 26. Western Blot (1) SDS-PAGE 단백질의 발현 여부를 보기위하여 주로 하는 실험이다. 일단 원리는 단백질의 사이즈에 따라 분리하고 antibody 로 특정 단백질을 확인하는 것이다. 먼저 SDS-PAGE에 대하여 알아보겠다! 전체적인 과정은 1. protein sample 준비 2. gel 준비. 3. gel running 4. Transfer 5. blocking 6. Antibody incubation 7. detection and visualization 으로 이루어진다. 1. Protein sample 준비 보통 세포나 조직등에서 protein lysis buffer를 이용하여 protein sample을 얻는다. 단백질은 각각 다른 특성을 가지고 다른 cellular environment 를 가지므로 실험 목적에 맞는 적합한 .. 2021. 5. 22. Super-Resolution microscopy (초고해상도 현미경) - Structured Illumination microscopy (구조 조명 현미경) 원리 오늘 SIM (Structured illumination microscopy)를 사용했다. 옛날에 다 배운 내용인데 하나도 기억이 나지 않아서 사용한 김에 현미경에 관한 내용을 포스팅하고자 한다. Super-resolution microscope 초고해상도 현미경은 빛의 회절 한계를 극복하고 confocal보다 더 자세하게 세포 내 구조를 연구하기 위해 만들어진 현미경이다. Super-resolution microscopy 은 가로/축 해상도와 고유의 최대 temporal resolution이 서로 다른 두 그룹으로 분류할 수 있다. 첫째는 도넛이나 줄무늬처럼 균일하지 않은 모양으로 성형한 입사광을 사용하는 광학적 방식으로 형광 이미지의 resolution을 높이는 방법이다. Stimulated Emis.. 2021. 5. 19. CRISPR-Cas system / Knock-out cell line 만들기 (2) Selection, sequencing CRISPR - Cas9 system을 이용한 Knock out cell line 만들기 (1) sgRNA design 이 포스팅은 CRIPSR Cas system 을 이용하여 knock out cell line 만들기에 대한 포스팅이다. 이론에 관한 것은 잘 정리된 것이 너무 많기 때문에 PASS하고 cell line 만들 때 고려해야 하는 점등을 위주로 포스 arumyworld.tistory.com 앞의 포스팅에서 sgRNA design에 대해서 다루었다. sgRNA cloning이 끝나면 원하는 세포에 넣어주면 끝인데 하지만 그것은 쉽지 않지... 세세한 과정을 알아보도록 하겠다. sgRNA cloning을 하면서 cell line에 antibotics test를 진행하여야 한다. 내가 사용하는 c.. 2021. 2. 15. CRISPR - Cas9 system / Knock out cell line 만들기 (1) sgRNA design 이 포스팅은 CRIPSR Cas system 을 이용하여 knock out cell line 만들기에 대한 포스팅이다. 이론에 관한 것은 잘 정리된 것이 너무 많기 때문에 PASS하고 cell line 만들 때 고려해야 하는 점등을 위주로 포스팅을 해보려고 한다. CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) 는 prokaryoic organism 에서 발견되는 DNA sequence 이다. 박테리아에 파지나 플라스미드가 들어오게 되면 외부 DNA 조각을 박테리아 유전체 속 반복 서열 사이에 넣게 된다. 이 때 이 반복된 서열을 CRISPR 라고 하며 Cas (CRISPR-associated) proteins이 이를 인지하고 pth.. 2021. 2. 14. 이전 1 2 3 4 다음
