ClustalW Clustal Omega 사용방법

Clustal란 여러가지 sequence를 alignment 할 때 사용되는 프로그램이다. 

 

주로 어떤 단백질이나 DNA가 얼마나 conserve 되어 있는가 어디서 차이가 나는가 등을 확인하고자 할 때 사용된다. 

 

Clustal 에는 다양한 종류가 있는데 Clustal W는 thrid generation, omega는 가장 최근의 standard 버전이라고 한다. 

 

 

Clustal Omega < Multiple Sequence Alignment < EMBL-EBI

 

위의 web site에 들어가면 단백질이나 DNA seqeunce를 쉽게 alignment 할 수 있다. 

 

이런 화면을 만나게 되면 protein인지 DNA인지 type을 정하고 

sequence를 넣어주면 끝이다. 

 

여기서 sequence 넣는 방법은~~~

>이름

Sequence

 

>이름 

Sequence 

이렇게 넣어주면 된다! 

 

 

그렇다면 SARS-CoV1, SARS-CoV2, MERS 의 spike protein을 예시로 sequence alignment를 해보자. 

 

NCBI에 가서 Spike protein sequence를 찾아준다. 

 

검색해서 CDS 찾으면 끝! 

사이트로 돌아가서 

sequece를 위의 방법대로 넣어주고 submit 누르면 끝! (sequence에 공백 있어도 괜찮음)

parameter 설정도 가능하다. 

 

잠시 기다리면 이러한 결과를 만날 수 있다. 

 

여기서 Guid Tree나 phylogenetic Tree도 만들 수 있음. 

Alignment file download도 가능하다. 

 

너무 쉽다~~~