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BT/Lab10

1. PCR이란? 구성요소, 원리, 과정, 조성, protocol, 레시피 Ÿ PCR이란? Polymerase Chain Reaction (중합효소 연쇄반응)의 약자로, DNA 증폭 (복제) 기술이다. 적은 양의 DNA template 로 대량의 DNA를 얻을 수 있다. 이를 이용하여 분자생물학, 의료, 범죄 수사, 생물 분류 등 DNA를 취급하는 작업 전반에 중요한 역할을 하고 있다. Ÿ PCR 구성 요소 1. DNA, RNA template : 증폭 대상이 되는 DNA, RNA 2. PCR Primers : 증폭할 부분을 잡는 짧은 염기서열 3. Taq polymerase : 열에 특별히 강한 유전자 합성효소 (Thermus aquaticus 라는 온천에 사는 세균의 DNA polymerase, 72℃가 최적 온도, 94℃에서도 안정함) 4. dNTP (dATP, dCTP,.. 2024. 4. 3.
competent cell 정의, 종류 competent cell (수용성 세포)란? 외부의 DNA를 삽입할 수 있도록 물리적, 화학적으로 처리한 세포 Transformation competent cell에 외부 DNA가 삽입되는 과정 화학적 방법 CaCl2나 MgCl2 등 salt를 이용하여 negative charge를 띄고 있는 DNA를 neutralization 시켜주는 방법. 고이온 농도에서 키운 세포에 DNA를 넣고 heat shock (42℃)을 주면 DNA가 세포 안으로 삽입되게 된다. 물리적 방법 전기 pulse를 이용하여 세포막 막전위 변화를 주어 DNA 투과를 높이는 방법. Competent cell 종류 1. 유전자 생산 - DH5a : 가장 흔하게 사용되는 E.coli. recA1 mutation 으로 인하여 높은 in.. 2024. 4. 2.
유전자 재조합 DNA cloning (2) Gibson cloning -HIFI DNA Assembly Gibson cloning 이란? 제한 효소 없이 overlapping ends 를 이용하여 cloning 하는 방법. Strand chew back→ expossing single strand → overlapping ends annealing → 3' extension → Ligation Overlapping ends 만 잘 디자인 하면 여러개의 product로 한번에 insertion 가능하다는 장점이 있다. Gibson cloning을 위해서는 overlapping ends 를 가진 linearize vector 와 insert 가 필요하다. 1. PCR 이 방법은 vector 와 insert 모두 PCR 하는 방법이다. Overlapping region 만 잘 설정하면 된다. 2. Restric.. 2023. 3. 29.
유전자 재조합 DNA cloning (1) Gateway cloning - Entry clone 만들기 1. 원리 bacteriophage λ가 bacteria의 chromosome에 삽입되는 과정의 site-specific recombination이라는 방식을 cloning에 적용. attP (bacteriophage λ) + attB (bacteria) ⇆ attL, attR 1-1. BP cloning Expression vector 에서 혹은 PCR product를 이용하여 Entry clone을 만드는 반응. attB (PCR) + attP (Donor vector) → attR + attL (Entry vector) 25 bp의 attB site를 가진 primer를 이용하여 amplify 된 PCR product를 entry vector 에 넣는다. attB1 5’ – GGGGACAAGTTTG.. 2023. 3. 29.
NCBI에서 계통수 phylogenetic tree 만들기 / Orthologs / COBALT 계통수 (phylogenetic tree)는 생물이 진화의 결과 여러 종이나 분류군 사이에서 나타나는 신체적이거나 유전적 특징의 유사성과 차이를 바탕으로 친연 관계를 수형도로 나타낸 다이어그램이다.-위키 NCBI에서 Phylogenetic tree 만들기에 대해서 해보도록 하겠다! - 1. NCBI에서 내가 궁금한 gene 검색하기 그냥 All databases로 검색해도 되고 아래의 링크의 homologene으로 해서 검색해도 된다. Home - HomoloGene - NCBI www.ncbi.nlm.nih.gov 요즘 human corona virus spike protein (SARS-CoV-2 등)의 receptor로 잘 알려진 ACE2를 가지고 계통수를 만들어보도록 하겠다. 먼저 ACE2 검색하.. 2021. 5. 27.
ClustalW Clustal Omega 사용방법 Clustal란 여러가지 sequence를 alignment 할 때 사용되는 프로그램이다. 주로 어떤 단백질이나 DNA가 얼마나 conserve 되어 있는가 어디서 차이가 나는가 등을 확인하고자 할 때 사용된다. Clustal 에는 다양한 종류가 있는데 Clustal W는 thrid generation, omega는 가장 최근의 standard 버전이라고 한다. Clustal Omega < Multiple Sequence Alignment < EMBL-EBI Clustal Omega is a new multiple sequence alignment program that uses seeded guide trees and HMM profile-profile techniques to generate alig.. 2021. 5. 26.

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